福建医科大学口腔医学院、附属口腔医院是福建省口腔医学的医疗、教学、科研和预防的重要基地。口腔医院成立于1997年，是目前福建省单一的省级口腔专科医院。福建口腔医院拥有国内堪称一流的门诊病房大楼，其建筑设计因功能布局合理协调，被收入中国建筑设计建设工业出版社出版的《中国医院建筑选编》（1989-1999）。福建口腔医院医疗设备先进，就诊环境优雅，治疗条件舒适。医院编制综合治疗牙椅位80张，床位60张。有一批博士、硕士和具有高级职称的口腔医学技术骨干。医院引进了牙周病学、牙体牙髓病学、儿童牙病学等4名博士，培养了1名颌面外科学博士，其中3名获国家公派先后在澳大利亚昆士兰大学牙学院、美国哈佛大学牙医学院、英国伦敦大学留学。1998年以来，获省科委、省教委、省卫生厅等科研项目24项，获省科技进步二等奖、三等奖各一项、省卫生厅科技进步奖两项。福建省医学会口腔科学分会和省牙病防治指导组均挂靠口腔医院开展工作。
口腔医学系成立于1984年，2000年10月改系建院，现有口腔内科学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔正畸学、口腔基础等五个教研室及口腔医学实验室和实验中心。设有一个口腔临床医学硕士点。省卫生厅批准口腔医院为临床住院医师规范化培训试点医院，并设立医师培训基地。本科招生人数逐年扩大，2003年已招至75名。研究生教育不断发展，为福建省培养一批又一批的口腔医学专业人才。
作为口腔专科医院，福建口腔医院注重学科的全面发展，设有牙体牙髓科、牙周科、粘膜科、预防科、儿童牙科、口腔颌面外科（包括门诊、病房、整形美容）、种植牙科、口腔修复科、口腔正畸科等9个临床科室。还开设了交通路门诊部和24小时综合门诊部。医院在口腔龋病、牙周病、粘膜病、颌面部肿瘤、外伤、先天、后天畸形的诊治、牙列缺损的修复、牙列畸形的矫正、口腔预防保健及整形美容等方面居福建省领先地位。特别是完善的牙体牙髓治疗，各类牙体缺损及牙列缺失修复技术以及贵金属、瓷贴面、超瓷、隐形义齿和铸钛等高新材料的修复手段进入国内同行业先进水平，正畸矫治的力学研究及引入计算机在口腔正畸临床的诊治，使正畸治疗更具科学性及个性化性，牙周炎活动期的诊断、牙周再生治疗及进行细胞培养与组织工程的研究已同国内和国际的这一研究接轨。
近年来，澳大利亚、美国、瑞士、曰本、德国等国家的专家、学者以及台湾地区、北京、上海、华西、四军医大等重点医学院校口腔医学的教授、专家莅临我院举办各类学术讲座。福建口腔医院院长、教授、主任医师闫福华博士所获的福建省科委重大课题“组织工程技术用于治疗牙周病的实验与临床研究”与澳大利亚昆士兰牙学院合作攻关。并在学校的支持下，聘任国家首席科学家、上海组织工程重点实验室主任曹谊林为兼职教授，指导我院及全校有关组织工程研究的开展。这些交流与合作，使口腔医院在国内外的知名度逐步提高。口腔医院的不断发展，为满足人民群众口腔健康的需要发挥了越来越重要的作用。